השתייכות מוניציפלית

בראשית דרכו השתייך היישוב למועצה אזורית מנשה. בשנת 1992, במסגרת התוכנית לאיחוד רשויות מקומיות, הוכלל היישוב קציר ביחד עם היישוב חריש במועצה מקומית אחת בשם "טל-עירון", שהייתה ה"כוכב" הצפוני ביותר בתוכנית "יישובי הכוכבים". בשנת 1995 הוסב שם המועצה המקומית לקציר-חריש. בשנת 2012, חרף התנגדות המועצה האזורית שטענה שהיישוב קציר הוא בעל אופי עירוני ואינו תואם את האופי הכפרי של המועצה, הופרד היישוב קציר מהיישוב חריש (במסגרת קידום הפיכת חריש לעיר), והוחזר לתחום שיפוטה של מועצה אזורית מנשה.